Le amministrazioni comunali sono state al centro del dispositivo di individuazione delle Zone Franche Urbane. Ai Comuni spettava infatti il compito di individuare le aree, elaborare le proposte progettuali, definire le modalità di gestione e programmare eventuali investimenti complementari da attivare sul medesimo territorio per massimizzare gli effetti complessivi degli interventi.
Come specificato dalla circolare DPS pdf - 96 Kb del 26 giugno 2008, le proposte progettuali sono state trasmesse alla struttura responsabile della propria Regione nei termini stabiliti dalla
Delibera CIPE n. 5 del 30 gennaio 2008, pubblicata nella Gazzetta Ufficiale del 6 giugno 2008.
I Comuni hanno elaborato le proprie proposte progettuali tramite la predisposizione di uno specifico documento, che descriveva nel dettaglio:
- l'esistenza dei requisiti di ammissibilità del territorio comunale;
- l'esistenza dei requisiti di ammissibilità delle ZFU individuate e le modalità della relativa perimetrazione;
- il calcolo dell'Indice di Disagio Socioeconomico (IDS);
- i motivi sottesi all'individuazione delle ZFU proposte;
- le modalità di gestione del progetto;
- eventuali ulteriori programmi e progetti di riqualificazione e potenziamento delle aree individuate.
Per agevolare l'istruttoria tecnica delle amministrazioni coinvolte, il DPS ha allegato alla propria circolare un indice-tipo che articolava i contenuti informativi necessari per la corretta redazione delle proposte progettuali.
Inoltre, è stato predisposto un foglio di lavoro Excel che permette un completo e ordinato calcolo degli indicatori, ed in particolare dell'Indice di Disagio Socioeconomico. Tale documento è stato compilato ed allegato alla proposta progettuale da trasmettere alla Regione quale parte integrante della documentazione sottoposta a valutazione.
Nella sezione Calcolo dell'Indice di Disagio Socioeconomico sono state rese disponibili le informazioni necessarie all'utilizzo del foglio di lavoro e, in particolare, è stato pubblicato un database comunale con i dati statistici da utilizzare ed un file Excel dimostrativo che esemplifica il funzionamento del foglio di lavoro.
In seguito all'elaborazione e trasmissione delle proposte progettuali correttamente elaborate, l'attività congiunta delle Regioni e del MISE–DPS ha permesso di individuare le 22 ZFU proposte al CIPE per l'ammissione al finanziamento nella prima fase di sperimentazione del dispositivo.
Nel corso della procedura istrutturia, le amministrazioni regionali hanno raccolto in prima istanza le proposte progettuali comprese nel loro territorio e ne hanno valutato:
- la rispondenza ai criteri demografici, dimensionali e socioeconomici esposti in precedenza;
- la corretta misurazione e quantificazione dell’Indice di Disagio Socioeconomico;
- la coerenza e la compatibilità con i programmi e le politiche di investimento nella medesima area;
- l'opportunità e modalità di co-finanziamento per ampliare l’impatto dell’intervento sulle realtà economiche e sociali.
Successivamente, entro 60 giorni dalla pubblicazione della Delibera CIPE n. 5/2008, le Regioni hanno trasmesso al MISE-DPS una Relazione Tecnica che individuava, con motivazione delle scelte, le proposte di ZFU di interesse prioritario.
A partire da tale data il MISE-DPS ha curato, sempre in collaborazione con le Regioni, l'istruttoria tecnica per l’elaborazione di una Relazione da presentare al CIPE.
Per la conduzione delle attività di istruttoria tecnica delle proposte progettuali pervenute e per il monitoraggio del dispositivo, il DPS ha istituito un Gruppo Tecnico dipartimentale dedicato.
Individuazione delle ZFU 
